Il clima caldo consente solo un lieve sviluppo della vegetazione
La flora di Cayo de Agua e più in generale di tutto l'arcipelago è poco varia in quanto il clima caldo consente solo un lieve sviluppo della vegetazione; la vegetazione delle isole consiste principalmente di cespugli bassi e mangrovie, cactus e graminacee. Sabbia fine e bianchissima, e sole, governano le isole. Non essendoci montagne in grado di bloccare le nubi e di formare quindi la pioggia, Los Roques gode di un clima molto asciutto.